Während eines akuten Krankheitsschubs kommen Medikamente wie Kortison oder spezielle Entzündungshemmer zum Einsatz. Treten wiederholt Schübe auf, muss der Patient meist spezielle Arzneimittel dauerhaft einnehmen, um einen erneuten Schub zu verhindern. Bei Morbus Crohn spielt die eine Ernährung Rolle, besonders bei Kindern und bei Untergewicht. Viele Patienten vertragen zum Beispiel keine ballaststoffreichen Lebensmittel, da sie blähen. Leiden Menschen mit Morbus Crohn länger unter Durchfall, können sie wichtige Nährstoffe und Vitamine nicht mehr aufnehmen. Diese müssen dann gezielt zugeführt werden. Manchen Erkrankten bleibt zudem eine Operation nicht erspart. Insbesondere dann, wenn Morbus Crohn zu negativen Begleiterscheinungen wie Fisteln (mehr dazu im Kapitel Symptome) oder gar einem Darmverschluss führt.